Tirsdag den 8. juli 2014.- Et team af forskere fra Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR) har deltaget i en international undersøgelse, der har identificeret 518 nye mikrobakterier, der helt er ukendt indtil nu, i den humane mikrobiota (tarmflora).
Forskningen, hvor forskere har anvendt en ny tilgang til bioinformatisk analyse, har også udvidet kataloget over kendte mikrobielle gener fra 3 til 10 millioner.
Resultaterne af denne forskning, der blev offentliggjort søndag af tidsskriftet Nature Biotechnology, er en del af det europæiske MetaHIT-projekt (Metagenomics Human Intestinal Tract), tildelt 11, 4 millioner euro for at undersøge, hvordan det humane mikrobiom forholder sig til sundhed og sygdom . Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR) er en af 13, der deltager i dette projekt - og det eneste spanske center - under ledelse af Dr. Francisco Guarner, der forklarede, at ikke alle de undersøgte prøver har dette antal ukendte arter.
Prøverne af tarmfloraen hos nogle individer har meget få af disse arter, og når de analyseres detaljeret, har de set, at de er prøverne fra patienter med Crohns sygdom. "Dette antyder, at disse hidtil ukendte arter muligvis er dem, der udgør forskellen mellem mikrobiota hos sunde mennesker og for syge, " annoncerede Guarner.
Ifølge forskeren åbner disse data strategier for at forsøge at genvinde disse arter med ernæringsmæssige interventioner: administration af fibre, prebiotika, der hjælper med den selektive vækst af nogle arter eller probiotika.
Disse ukendte bakterier er sandsynligvis af de såkaldte "gode bakterier", fordi de ikke er de typiske, der forårsager en infektion, og de er heller ikke kendt eller isoleret før. Ifølge Guarner kan de opdagede bakterier ikke isoleres, fordi "næsten helt sikkert ikke ville overleve uden for tyktarmen for at blive transplanteret."
Den ansvarlige for arbejdet og forskeren for VHIR-gruppen for fysiologi og fordøjelsespatofysiologi har angivet, at de nye arter, der er opdaget "ikke kan dyrkes, er meget følsomme over for ilt, det vil sige at de er meget strenge anaerober og skaber en stor afhængighed af deres miljø for at kunne overleve. " "Af samme grund, da vi gik til databaserne, fandt vi ikke et spor, og indtil nu vidste vi intet om dem, " sagde Guarner.
Opdagelsen har været mulig takket være en ny tilgang til bioinformatisk analyse, der gjorde det muligt for disse arter at "overflade".
"I øjeblikket - ifølge Guarner - er kun 10% af det sekventerede genetiske materiale kendt med 95% pålidelighed. Dette efterlader et enormt gråt område, der arbejdes på lige nu."
Undersøgelsen har påvist 741 forskellige metagenomiske arter, opkaldt efter umuligheden af at tildele dem et navn. I modsætning til databaserne har forskere set, at 115 af disse arter allerede var kendt, mens 518 er ukendte; de resterende 108 er delvist kendt.
"Nu ved vi, hvordan genomet af disse metagenomiske arter ser ud, men ikke deres navne og efternavne, " forklarede Guarner.
Der er et lille antal, hvis art ikke er kendt, men deres køn eller den familie, som de tilhører, og cirka 200 metagenomiske arter af de beskrevne kan ikke klassificeres på nogen måde, da mere end 80% af deres gener er totalt ukendte for dag.
Ifølge forskere er mikroorganismerne, der lever i mennesker omkring 100 milliarder, 10 gange mere end det samlede antal menneskelige celler.
De første resultater af dette samme projekt i 2010 pegede på 3.300.000 forskellige gener, oversat til 20.000 forskellige funktioner, hvoraf 5.000 var totalt ukendte indtil videre.
Hver person har omkring 600.000 af disse mikrobielle gener, og 300.000 gentages konstant blandt alle individer. "I denne nye undersøgelse ganges antallet med tre og 9.879.896 forskellige gener nås, " sagde Guarner.
Kilde:
Tags:
Seksualitet Sundhed Familie
Forskningen, hvor forskere har anvendt en ny tilgang til bioinformatisk analyse, har også udvidet kataloget over kendte mikrobielle gener fra 3 til 10 millioner.
Resultaterne af denne forskning, der blev offentliggjort søndag af tidsskriftet Nature Biotechnology, er en del af det europæiske MetaHIT-projekt (Metagenomics Human Intestinal Tract), tildelt 11, 4 millioner euro for at undersøge, hvordan det humane mikrobiom forholder sig til sundhed og sygdom . Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR) er en af 13, der deltager i dette projekt - og det eneste spanske center - under ledelse af Dr. Francisco Guarner, der forklarede, at ikke alle de undersøgte prøver har dette antal ukendte arter.
Prøverne af tarmfloraen hos nogle individer har meget få af disse arter, og når de analyseres detaljeret, har de set, at de er prøverne fra patienter med Crohns sygdom. "Dette antyder, at disse hidtil ukendte arter muligvis er dem, der udgør forskellen mellem mikrobiota hos sunde mennesker og for syge, " annoncerede Guarner.
"Gode bakterier"
Ifølge forskeren åbner disse data strategier for at forsøge at genvinde disse arter med ernæringsmæssige interventioner: administration af fibre, prebiotika, der hjælper med den selektive vækst af nogle arter eller probiotika.
Disse ukendte bakterier er sandsynligvis af de såkaldte "gode bakterier", fordi de ikke er de typiske, der forårsager en infektion, og de er heller ikke kendt eller isoleret før. Ifølge Guarner kan de opdagede bakterier ikke isoleres, fordi "næsten helt sikkert ikke ville overleve uden for tyktarmen for at blive transplanteret."
Den ansvarlige for arbejdet og forskeren for VHIR-gruppen for fysiologi og fordøjelsespatofysiologi har angivet, at de nye arter, der er opdaget "ikke kan dyrkes, er meget følsomme over for ilt, det vil sige at de er meget strenge anaerober og skaber en stor afhængighed af deres miljø for at kunne overleve. " "Af samme grund, da vi gik til databaserne, fandt vi ikke et spor, og indtil nu vidste vi intet om dem, " sagde Guarner.
Forskellige metagenomiske arter
Opdagelsen har været mulig takket være en ny tilgang til bioinformatisk analyse, der gjorde det muligt for disse arter at "overflade".
"I øjeblikket - ifølge Guarner - er kun 10% af det sekventerede genetiske materiale kendt med 95% pålidelighed. Dette efterlader et enormt gråt område, der arbejdes på lige nu."
Undersøgelsen har påvist 741 forskellige metagenomiske arter, opkaldt efter umuligheden af at tildele dem et navn. I modsætning til databaserne har forskere set, at 115 af disse arter allerede var kendt, mens 518 er ukendte; de resterende 108 er delvist kendt.
"Nu ved vi, hvordan genomet af disse metagenomiske arter ser ud, men ikke deres navne og efternavne, " forklarede Guarner.
Der er et lille antal, hvis art ikke er kendt, men deres køn eller den familie, som de tilhører, og cirka 200 metagenomiske arter af de beskrevne kan ikke klassificeres på nogen måde, da mere end 80% af deres gener er totalt ukendte for dag.
En person har 600.000 mikrobielle gener
Ifølge forskere er mikroorganismerne, der lever i mennesker omkring 100 milliarder, 10 gange mere end det samlede antal menneskelige celler.
De første resultater af dette samme projekt i 2010 pegede på 3.300.000 forskellige gener, oversat til 20.000 forskellige funktioner, hvoraf 5.000 var totalt ukendte indtil videre.
Hver person har omkring 600.000 af disse mikrobielle gener, og 300.000 gentages konstant blandt alle individer. "I denne nye undersøgelse ganges antallet med tre og 9.879.896 forskellige gener nås, " sagde Guarner.
Kilde:
